Win32PrioritySeparation （2006/10/23）

まず大事なところ。
OSは、可変=off の場合比率ビットを無視します。
比率=1:1 は 可変=off と同義です。

tuneapp で等倍にすると、レジストリには 可変=off 比率=1:1 が設定されます。
tuneapp で2倍・3倍にすると、レジストリには 可変=on でそれぞれの比率が設定されます。

レジストリの設定が 可変=off の場合、比率は無視されるので、tuneapp には等倍と表示されます。

そもそもなぜレジストリがこのような重複した設定方法になっているかというと、NT3.x時代の設定方法と互換性を取るためだったと記憶していますが、いま手元に資料が無いので、詳しい所は自分で探して。